Deux ans se sont écoulés depuis le raid du CCG sur Anteiku. Bien que l’atmosphère à Tokyo ait radicalement changé en raison de l’influence croissante du CCG, les goules continuent de poser problème, car elles ont commencé à se montrer plus prudentes, en particulier l’organisation terroriste Aogiri Tree, qui reconnaît la menace grandissante que représente le CCG pour son existence. La création d’une équipe spéciale, connue sous le nom de « Quinx Squad », pourrait bien donner au CCG l’élan dont il a besoin pour exterminer les résidents indésirables de Tokyo. En tant qu’humains ayant subi une intervention chirurgicale afin de pouvoir exploiter les capacités spéciales des goules, ses membres participent à des opérations visant à éradiquer ces créatures dangereuses. Le chef de ce groupe, Haise Sasaki, est un mi-goule, mi-humain qui a été formé par le célèbre enquêteur de classe spéciale, Kishou Arima. Cependant, ce jeune homme cache bien plus que ce que l’on voit au premier abord, car des souvenirs inconnus le tourmentent, lui rappelant peu à peu la personne qu’il était autrefois.