Yato, un dieu mineur, traverse une période difficile. Lassé de son mode de vie de fainéant, son partenaire le quitte brusquement. Il n’a ni argent, ni fidèles, ni sanctuaire où se réfugier. Mais alors que la situation commence à paraître désespérée, un accident de bus le force à croiser le chemin de Hiyori Iki, une lycéenne douce et pleine d’entrain. Depuis l’accident, l’âme de Hiyori a la fâcheuse tendance à s’échapper de son corps, et après avoir demandé l’aide de Yato pour retrouver un état normal, elle commence à plonger dans le monde des esprits et des dieux. Mais Hiyori n’est pas la seule à surveiller Yato de près. Un dieu issu du passé de Yato est de retour, et il n’est pas là pour des retrouvailles amicales.